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Os frutooligossacarídeos são polímeros naturais de frutose que usualmente são encontrados ligados a uma molécula inicial de glicose. São totalmente resistentes à digestão no trato gastrintestinal superior e utilizados quase que inteiramente pelas bifidobactérias do cólon, dessa forma promovem a integridade da mucosa gastrintestinal.

No intestino grosso, os frutooligossacarídeos além dos efeitos seletivos em bifidobactérias e lactobacillus, influenciam muitos aspectos na função intestinal por fermentação. Ácidos graxos de cadeia curta são os maiores produtos da digestão dos prebióticos. Os FOS modificam os metabólitos associados com a saúde do intestino, eles tendem a ser benéficos, pois diminuem o catabolismo protéico fecal.

A composição e a atividade da microflora colônica para ações benéficas são otimizadas com a presença desses prebióticos frutooligossacarídeos.

Eles têm como principais funções intensificar o crescimento da flora intestinal (bifidobactérias), aliviar a constipação, melhorar os lipídios sangüíneos e suprimir a produção de substâncias putrefativas. Através da sua atuação como prebiótico, atuando no crescimento das bifidobactérias, elas acabam agindo indiretamente em vários outros aspectos por estimular as funções dessas bactérias, funções essas que são: inibição de bactérias patogênicas, redução do pH intestinal, estímulo ao sistema imune, controle da função intestinal e aumento da absorção de minerais, redução dos níveis sangüíneos de colesterol e amônia, produção de vitaminas B e K e prevenção do câncer.

Os frutooligossacarídeos desempenham funções fisiológicas como alteração do trânsito intestinal com efeito de redução de metabólitos tóxicos, controle da pressão arterial, melhoria da biodisponibilidade de minerais, como cálcio, aumentando sua absorção e diminuindo o risco de osteoporose, diminuição do risco de aterosclerose, diminuição dos níveis de uréia e ácido úrico, mantendo o equilíbrio de nitrogênio, redução do colesterol plasmático e da hipertrigliceridemia.

Em relação ao câncer, os frutooligossacarídeos atuam indiretamente, através da produção de altas concentrações de ácidos graxos de cadeia curta (butirato, propionato e acetato), os quais são utilizados como fonte de energia pelas células epiteliais do cólon e são produzidos a partir da fermentação de carboidratos não digeríveis. Os frutooligossacarídeos reduzem os agentes genotóxicos no intestino e aumentam a produção de ácidos graxos de cadeia curta, como o butirato, que desativam componentes tóxicos (nitrosaminas e peróxido de hidrogênio) nas células do cólon de humanos, diminuem a formação de DNA e participa na diferenciação celular.

Os frutooligossacarídeos estimulam funções imunes, diminuem a incidência de deslocamento bacteriano, evitando infecções e septicemias, e devido a uma alta concentração de bactérias produtoras de ácido lático, há uma diminuição da ação de enzimas implicadas em carcinogênese, diminuição da concentração de amônia fecal e incidência de tumores.
Além de um efeito nutricional, os frutooligosacarídeos possuem efeitos benéficos fisiológicos e psicológicos que resultam em melhora na saúde ou risco reduzido de doença crônica.

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